diff -up ./Makefile.ORIG ./Makefile
--- ./Makefile.ORIG	2008-07-08 22:38:05.000000000 -0600
+++ ./Makefile	2010-01-19 14:23:02.065649539 -0700
@@ -65,8 +65,8 @@ TARGET = bin/csisat
 OCAML_LIB = libcsisat
 
 
-all: glpk pico picosat server $(FILES) $(MAIN) lib
-	$(OCAML_OPT_C) $(COMPILE_FLAG) -o $(TARGET) $(LIBS)  $(GLPK) $(PWD)/picosat-632/libpicosat.a $(FILES) $(MAIN)
+all: glpk pico server $(FILES) $(MAIN) lib
+	$(OCAML_OPT_C) $(COMPILE_FLAG) -o $(TARGET) $(LIBS)  $(GLPK) $(FILES) $(MAIN)
 	$(shell sed -i 's/Version .*\\n\\n/Version 1.2 (Rev REV, Build DATE)\.\\n\\n/g' $(SRC)/csisatConfig.ml)
 
 VERSION = $(shell svnversion)
@@ -126,12 +126,12 @@ $(OBJ)/%.cmx: $(SRC)/%.ml
 
 lib: $(LIB)/$(OCAML_LIB).cma $(LIB)/$(OCAML_LIB).cmxa 
 
-$(LIB)/$(OCAML_LIB).cma: $(OCAML_LIB_OBJ:%=%.cmo)
+$(LIB)/$(OCAML_LIB).cma: $(OCAML_LIB_OBJ:%=%.cmo) $(FILES)
 	@echo Creating OCAML \(byte code\) library $@
 	@mkdir -p $(LIB)
 	$(OCAML_LD) $(OCAML_LD_FLAGS) -a -o $@ $(patsubst %.cmx, %.cmo, $(FILES))
 
-$(LIB)/$(OCAML_LIB).cmxa $(LIB)/$(OCAML_LIB).a: $(OCAML_LIB_OBJ:%=%.cmx)
+$(LIB)/$(OCAML_LIB).cmxa $(LIB)/$(OCAML_LIB).a: $(OCAML_LIB_OBJ:%=%.cmx) $(FILES)
 	@echo Creating OCAML \(native code\) library $@
 	@mkdir -p $(LIB)
 	$(OCAML_OPT_LD) $(OCAML_LD_FLAGS) -a -o $@ $(FILES)
@@ -155,26 +155,136 @@ odoc:
 		$(patsubst $(OBJ)/%, $(SRC)/%, $(patsubst %.cmx, %.ml, $(FILES)))
 
 glpk:
-	cd glpk_ml_wrapper; make
+	cd glpk_ml_wrapper; $(MAKE)
 	@mkdir -p $(LIB)
 	cp glpk_ml_wrapper/libcamlglpk.a $(LIB)/
 
 pico:
-	cd pico_ml_wrapper; make
+	cd pico_ml_wrapper; $(MAKE)
 	@mkdir -p $(LIB)
 	cp pico_ml_wrapper/libcamlpico.a $(LIB)/
 
-picosat:
-	cd picosat-632; ./configure;  make
-	@mkdir -p $(LIB)
-	cp picosat-632/libpicosat.a $(LIB)/
-
 server:
-	cd server; make
+	cd server; $(MAKE)
 
 clean:
 	$(RM) $(TARGET) $(OBJ)/* $(LIB)/*
-	cd glpk_ml_wrapper; make clean
-	cd pico_ml_wrapper; make clean
-	cd picosat-632; make clean
-	cd server; make clean
+	cd glpk_ml_wrapper; $(MAKE) clean
+	cd pico_ml_wrapper; $(MAKE) clean
+	cd server; $(MAKE) clean
+
+# Dependencies from ocamldep:
+$(OBJ)/csisatAstUtil.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatOrdSet.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatAstUtil.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatOrdSet.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatClpLI.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatMessage.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMatrix.cmo $(OBJ)/csisatLIUtils.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatClpLI.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatMessage.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMatrix.cmx $(OBJ)/csisatLIUtils.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatConfig.cmo: $(OBJ)/csisatSatPL.cmo $(OBJ)/csisatMessage.cmo \
+	$(OBJ)/csisatLIUtils.cmo
+$(OBJ)/csisatConfig.cmx: $(OBJ)/csisatSatPL.cmx $(OBJ)/csisatMessage.cmx \
+	$(OBJ)/csisatLIUtils.cmx
+$(OBJ)/csisatDag.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatOrdSet.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatDag.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatOrdSet.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatDpllClause.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatDpllClause.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatDpllCore.cmo: $(OBJ)/csisatSatInterface.cmo \
+	$(OBJ)/csisatOrdSet.cmo $(OBJ)/csisatMessage.cmo \
+	$(OBJ)/csisatDpllProof.cmo $(OBJ)/csisatDpllClause.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatDpllCore.cmx: $(OBJ)/csisatSatInterface.cmx \
+	$(OBJ)/csisatOrdSet.cmx $(OBJ)/csisatMessage.cmx \
+	$(OBJ)/csisatDpllProof.cmx $(OBJ)/csisatDpllClause.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatDpllProof.cmo: $(OBJ)/csisatDpllClause.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatDpllProof.cmx: $(OBJ)/csisatDpllClause.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatFociParse.cmo: $(OBJ)/csisatFociParse.cmi $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatFociParse.cmx: $(OBJ)/csisatFociParse.cmi $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatFociPrinter.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatFociPrinter.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatInfixParse.cmo: $(OBJ)/csisatInfixParse.cmi $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatInfixParse.cmx: $(OBJ)/csisatInfixParse.cmi $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatInterpolate.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatSatUIF.cmo \
+	$(OBJ)/csisatSatPL.cmo $(OBJ)/csisatSatLI.cmo $(OBJ)/csisatOrdSet.cmo \
+	$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmo $(OBJ)/csisatMessage.cmo \
+	$(OBJ)/csisatDpllProof.cmo $(OBJ)/csisatDag.cmo \
+	$(OBJ)/csisatClpLI.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatInterpolate.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatSatUIF.cmx \
+	$(OBJ)/csisatSatPL.cmx $(OBJ)/csisatSatLI.cmx $(OBJ)/csisatOrdSet.cmx \
+	$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmx $(OBJ)/csisatMessage.cmx \
+	$(OBJ)/csisatDpllProof.cmx $(OBJ)/csisatDag.cmx \
+	$(OBJ)/csisatClpLI.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatLIUtils.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatOrdSet.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatLIUtils.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatOrdSet.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatMain.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatSatPL.cmo \
+	$(OBJ)/csisatOrdSet.cmo $(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmo $(OBJ)/csisatLIUtils.cmo \
+	$(OBJ)/csisatInterpolate.cmo $(OBJ)/csisatFociPrinter.cmo \
+	$(OBJ)/csisatConfig.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatMain.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatSatPL.cmx \
+	$(OBJ)/csisatOrdSet.cmx $(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmx $(OBJ)/csisatLIUtils.cmx \
+	$(OBJ)/csisatInterpolate.cmx $(OBJ)/csisatFociPrinter.cmx \
+	$(OBJ)/csisatConfig.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatMatrix.cmo: $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatMatrix.cmx: $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatSatUIF.cmo \
+	$(OBJ)/csisatSatLI.cmo $(OBJ)/csisatOrdSet.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatSatUIF.cmx \
+	$(OBJ)/csisatSatLI.cmx $(OBJ)/csisatOrdSet.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatPicoInterface.cmo: $(OBJ)/csisatSatInterface.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmo $(OBJ)/csisatDpllProof.cmo \
+	$(OBJ)/csisatDpllClause.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatPicoInterface.cmx: $(OBJ)/csisatSatInterface.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmx $(OBJ)/csisatDpllProof.cmx \
+	$(OBJ)/csisatDpllClause.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatSatInterface.cmo: $(OBJ)/csisatDpllProof.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatSatInterface.cmx: $(OBJ)/csisatDpllProof.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatSatLI.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatMessage.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMatrix.cmo $(OBJ)/csisatLIUtils.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatSatLI.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatMessage.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMatrix.cmx $(OBJ)/csisatLIUtils.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatSatPL.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatPicoInterface.cmo \
+	$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmo $(OBJ)/csisatDpllProof.cmo \
+	$(OBJ)/csisatDpllCore.cmo $(OBJ)/csisatDpllClause.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatSatPL.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatPicoInterface.cmx \
+	$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmx $(OBJ)/csisatDpllProof.cmx \
+	$(OBJ)/csisatDpllCore.cmx $(OBJ)/csisatDpllClause.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatSatUIF.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatOrdSet.cmo \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmo $(OBJ)/csisatDag.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmo $(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatSatUIF.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatOrdSet.cmx \
+	$(OBJ)/csisatMessage.cmx $(OBJ)/csisatDag.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAstUtil.cmx $(OBJ)/csisatAst.cmx
+$(OBJ)/csisatTests.cmo: $(OBJ)/csisatUtils.cmo $(OBJ)/csisatSatUIF.cmo \
+	$(OBJ)/csisatSatPL.cmo $(OBJ)/csisatSatLI.cmo \
+	$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmo $(OBJ)/csisatMessage.cmo \
+	$(OBJ)/csisatLIUtils.cmo $(OBJ)/csisatInterpolate.cmo \
+	$(OBJ)/csisatFociPrinter.cmo $(OBJ)/csisatAstUtil.cmo \
+	$(OBJ)/csisatAst.cmo
+$(OBJ)/csisatTests.cmx: $(OBJ)/csisatUtils.cmx $(OBJ)/csisatSatUIF.cmx \
+	$(OBJ)/csisatSatPL.cmx $(OBJ)/csisatSatLI.cmx \
+	$(OBJ)/csisatNelsonOppen.cmx $(OBJ)/csisatMessage.cmx \
+	$(OBJ)/csisatLIUtils.cmx $(OBJ)/csisatInterpolate.cmx \
+	$(OBJ)/csisatFociPrinter.cmx $(OBJ)/csisatAstUtil.cmx \
+	$(OBJ)/csisatAst.cmx
diff -up ./pico_ml_wrapper/Makefile.ORIG ./pico_ml_wrapper/Makefile
--- ./pico_ml_wrapper/Makefile.ORIG	2008-07-08 22:38:01.000000000 -0600
+++ ./pico_ml_wrapper/Makefile	2010-01-19 14:16:01.399524477 -0700
@@ -1,7 +1,7 @@
 CC=gcc
 CFLAGS= -O2 -Wall
-INCLUDE= -I../picosat-632
-LIBS= -lpicosat -L../picosat-632
+INCLUDE=
+LIBS= -lpicosat-trace
 RM = /bin/rm -f
 
 SRC = src/camlpico.c